Just Cause 2 comprend 7 missions principales et 49 missions de faction débloquées à la réussite des missions de capture de base.
Missions principales (Agence)[]
- « Bienvenu à Panao ! »
- « Descente au casino »
- « Le Tigre blanc »
- « Sauvetage dans les montagnes »
- « D’une pierre trois coups »
- « Dans l’antre »
- « Une juste cause »
Missions des factions[]
Reapers[]
- « Des hauts et des bas »
- « Dompter la bête »
- « Piratage des ondes »
- « Débat politique »
- « Le Chauffeur de Mᵐᵉ Stacey »
- « Or noir »
- « Dans la ligne de mire »
- « La Mort venue du ciel »
- « Explosifs mouvants »
- « La Ruse »
- « Ciel dégagé »
- « Un témoin recherché »
- « Changement de menu »
- « Vol de produits chimiques »
- « Libération anticipée »
- « Rencontre au sommet »
Capture de base[]
- « Recherches explosives »
- « Le Second Amendement »
- « Le Centre de recherches chimiques »
Roaches[]
- « L’Officier et le Tueur »
- « Maintien de la distribution »
- « L’Autoroute de l’information »
- « Le Fleuve écarlate »
- « Grabuge à l’aéroport »
- « Rien à déclarer »
- « Mauvaise presse »
- « Panay le Rédempteur »
- « Action offensive »
- « Mile High Club »
- « Vol de données »
- « Le Chef d’État »
Capture de base[]
- « Libre-échange »
- « Pétrole et sang »
- « Vallée paradisiaque »
Ular Boys[]
- « Siphonnage de gazole »
- « Grillades de satellites »
- « Mort aux mercenaires ! »
- « L’Île mystérieuse »
- « Protection de la vie privée »
- « Joujou de millionnaire »
- « À la rescousse de l’informateur »
- « Sacrilège ! »
- « Course pour la vie »
- « Sauver la foret »
- « Opération d’intimidation »
- « Un péché mortel »
- « La Justice de Rico »
Capture de base[]
- « Surtension »
- « Des hommes et des jouets »
- « Pèlerinage »